パンドラという惑星にナヴィと呼ばれる人間に似た生物が暮らしていた。パンドラは熱帯雨林の様な密林に深く覆われた美しい星であった。そこではナヴィたちが野生動物達と自然に囲まれ暮らしていた。彼らの住む森の奥には地球のエネルギー問題解決の鍵となる希少鉱物アンオブタニウムの鉱床があり、それを巡って人間とナヴィとの間でいざこざが起こっていた。
人間はパンドラの大気中では呼吸ができないため、エグゾパックというマスクを着用する必要があった。また、先住民であるナヴィと交渉する為に人間とナヴィの遺伝子を組み合わせたアバターが作られた。操作は遠隔操作になっており、操縦者が操作していない時のアバターは制御されず仮死状態になった様になる。
ナヴィの人々は人間と比べて科学技術は発展していないが、自然と共生し幸福に暮らしていた。
トミー・サリーはアバターの操縦のために志願して遺伝子を提供したが、金目当ての強盗に射殺されてしまった。そこで、サリーの一卵性双生児の双子であるトミー・ジェイクがパンドラに派遣され、アバターの操縦者を務めることになった。ジェイクはそこで傭兵隊長クオリッチ大佐と出会い、ナヴィを偵察する密命を引き受けた。
ある日、アバターとしてパンドラの探検をしていたジェイクは仲間とはぐれ、ナヴィの女性ネイティリに助けられた。始めはジェイクに敵意を示すがやがて理解するようになる。ジェイクはナヴィと共に暮らし自然に触れるにつれ、自然と共生する生活を送るナヴィの人々に共感を抱いていく。やがてジェイクはパンドラにおける人間の振る舞いについて疑問を持つ様になった。
一方、RDA社は採掘の障害となるナヴィに苛立ちを強めていた。いかなる条件を出してもナヴィ側はそれを受けようとはしない。やがて人間とナヴィの対立は酷くなり武力衝突へ発展していく。怒ったジェイクはついにナヴィ側に立ち人間との対立を決心する。ナヴィの人々に自分が人間側のスパイであったと告白したが、逆にナヴィの人々の憎しみを買い縛り上げられてしまう。
RDA社はついに空中機動部隊を発進させナヴィの聖地「ホーム・ツリー」の倒壊・破壊をする。戦いは一方的にRDA社に有利な状況で進んでいく。ネイティリの母であるモアトは最後の手段としてジェイクを頼る決心をし、彼を解放した。ジェイクは一度失ったナヴィの人々の信頼を回復するにはグレイト・レオノプテリックスを飼い慣らすことで、自分をナヴィの人々にトゥルーク・マクトと認めさせるしか方法はないと考え挑戦し、成功する。
トゥルーク・マクトになったジェイクは再びネイティリ達からの信頼を取り戻し、他のナヴィの部族を集め人間に対する戦いに踏み切り勝利する。だが、クオリッチ大佐はアバターを操作するジェイクの動きを封じるべく、遠隔操作装置のあるコンテナを襲う。襲われたコンテナの遠隔操作装置の中のジェイクはマスクなしで外気に触れ緊急用のエグゾパックに手が届かず意識を失ってしまう。そこにネイティリが現れた。ネイティリが放った矢で大佐は殺され戦いはナヴィ側の勝利に終わる。その後、ネイティリはアバターのジェイクが仮死状態になったことで襲われたコンテナの中へ行き緊急用のエグゾパックをジェイクの顔に当ててジェイクを助ける。
寛大なナヴィの人々は人間に対する報復を自制し、選ばれた人を除き人間を地球に戻した。ジェイクは最後のビデオ記録で明日は自分のパーティーがあって自分が新たに誕生する日だと残し、遠隔操作装置によってではなく呪術とエイワの力により仮死状態のアバターが目を開き、ジェイクはナヴィとなる。
私はこの物語を見て、言葉にナヴィの言葉があったり、パンドラに住む生き物と自分のしっぽを繋げて心を通わせたりなど、今までにあった映画みたいに、恐竜を使ったり魔法を使ったりするのではなく新しい発想から生まれた作品に仕上がっていてワクワクして見る事ができた。そして、本当にこの様な惑星があるのかと思うし、何度でも観たくなる素晴らしい作品だと感じた。
