ある日、ハリーポッターという男の赤ちゃんがダーズリー家に引き取られた。そしてその家で雑用させられながらひっそりと暮らしていた。ハリーは自分の両親が交通事故で亡くなったと聞かされていた。しかし実際は、ハリーの両親は魔法使いであり、悪の魔法使いヴォルデモートに殺されたのである。
ハリーの身の回りでは多くの不思議な出来事が起こっていたのだが、それはハリーが魔法使いの血を受け継いでいるために生じた出来事だったのだ。ヴォルデモートは、両親と一緒にハリーも殺そうとしたのだが、魔法が跳ね返りヴォルデモートは肉体が滅びてしまう。ハリーはヴォルデモートから唯一生き延び、「生き残った男の子」として魔法界で有名になる。
11歳になったハリーは魔法魔術学校に入学する。ハリーはグリフィンドール寮に入り、ロン・ウィーズリやハーマイオニー・グレンジャーと仲を深めていく。
そして三人は学校の中に隠された重大な秘密へと迫っていくことになる。秘密について三人はスネイプの不可解な行動から彼が何かを知っているのではないかと疑っていた。だか、ハグリッドに掛け合っても全く相手にもされなかった。しかし三人はハグリッドがつい口にしてしまったニコラス・フラメルが謎の解明につながるのではないかと疑い、彼について調べだす。そしてフラメルはダンブルドアの友人だったことと、錬金術師で賢者の石を作り出した人だったとこと知る。賢者の石こそ学校に隠された重大な秘密であり、スネイプはこの石を狙っていると三人は確信した。ハリーたちはマクゴナガルにその事を知らせようとしたが全く相手にしてもらえない。さらにダンブルドアが緊急で魔法省に呼び出されて不在だった。三人はダンブルドアがいないこの機会を、スネイプが狙っていると確信する。そしてハリーたち三人はスネイプを追って三頭犬の下にある部屋へと入っていく。そうして辿りついた最後の部屋で待っていたのはスネイプではなく、クィレルだった。ヴォルデモートはクィレルの肉体を借りて生き延びていたのだった。クィレルはみぞの鏡を使って石を見つけようとしたが出来なかった。そこで、ヴォルデモートはハリーを鏡の前に立たせた。すると鏡の前には、ポケットの中に賢者の石を持っている自分の姿が映されていた。それを知ったクィレルはハリーから石を奪おうとするが、リリー・ポッターの魔法によりクィレルは焼死してしまう。再び肉体がなくなったヴォルデモートは、逃げてしまった。
気絶していたハリーは目を覚ますと保健室にいた。そこでダンブルドアが現れ、こう言った。賢者の石は使おうとする者ではなく見つけようとする者の所に現れる。そして、ダンブルドアとフラメルは話し合って賢者の石を壊してしまった。
学年末のパーティで四位と最下位だったグリフィンドール寮だったが、秘密をめぐる一連の事件での活躍により、ロンとハーマイオニーは五十点、ハリーは六十点を獲得する。その結果、一位だったスリザリンと並んだ。そしてここで、ネビル・ロングボトムの勇気ある行動により十点追加され、グリフィンドール寮は見事に優勝した。
私はこの話を読み、実際の世界では起こらない事が起こってドキドキしながら続きが気になり、ワクワクして読んだ。また読んでいくうちに先が気になって本を読む時間が楽しくなった。